塩基を表すクラスを定義する DNAクラスでA, C, G, T, Nを表現

// companion object
object DNA {
  // objectで定義するとsingletonになるのでメモリの節約に
  object A extends DNA(0)
  object C extends DNA(1)
  object G extends DNA(2)
  object T extends DNA(3)
  object N extends DNA(4)　// NはA, C, G, Tのどれかを表す

  // DNAの文字列をすべて並べる。
  val values = Array(A, C, G, T, N)
  // 用途によって別の集合を定義することもできる。N以外の塩基
  val exceptN = Array(A, C, G, T)

  private val codeTable = Array(A, C, G, T, N, N, N, N)
  
  def complement(code:Int) : DNA = codeTable((~code & 0x03) | (code & 0x04))
}

// DNAクラス　
sealed abstrat class DNA(val code:Int) {
    // object名（最後に$マークが付くので除く）をenum名として使う
	val name = this.getClass.getSimpleName.replaceAll("""\$""", "")
	override def toString = name
	// DNAクラスには自由にメソッドを定義できる
	def complement = DNA.complement(code)
}

import DNA._
val l = G

l match {
  case A => ...
  case C => ...
  case G => ...
  case T => ...
  case N => ...
}

trait DNASeq {
  def length : Int
  def apply(index:Int) : DNA 
  def reverseComplement : DNASeq 
}

// DNA (A, C, G, T)を2bitで表現したDNASeqの実装
class DNASeq2bit(seq:Array[Long], val length:Int) extends DNASeq {
  ....
}